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圣杯战争结束后十二年，魔术协会以及英国时钟塔遭受到无比强烈的打压，在教皇索雷.奥尔黛西亚的命令下终于成为了圣堂教会的附属存在，信仰皆为至高无上的天帝。
从此里世界不再存在教会任何存在，即使是抑制力也不能够改变的状态。
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十三年后第五次圣杯战争开幕，成员皆为圣堂教会旗下神职人员，终于一个星期之后圣杯降世。
圣杯莫名其妙之下成功的吐出了名为“此时之一切之恶”，借由此时之一切之恶为介质召唤出了无名的异界魔物。
魔物出世霍乱整个人类世界，根据主的指引所有人员躲进了圣子教皇的巴别塔内度过灾难。
——最终，圣子教皇索雷.奥尔黛西亚变身为本体与魔物决一死战。战斗甚至蔓延到了宇宙的另一端，终于圣子与魔物同归于尽，化为了无数粉尘。
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学园都市是面积占据东京都西部三分之一的都市，居住着230万人，其中八成（180万）以上是科学势力的代表：学生。拥有世界上最尖端的科技，一般认为领先外界约30年。学园都市的由统括理事长亚雷斯塔.克劳利花费50年的时间创建，由「统括理事会」全权管理。由于技术、研究多数都是高度机密事项，学园都市内的警戒体制非常严格，对人员进出有严格的限制。
学园都市是一个由二十三个学区构成的巨大的教育机构的集合体，以发掘超能力而提供特殊的教育课程，主要靠从外部招收学生。除了教育机构，还有面向学生研究设施，生产、商业设施，国际展示场，国际机场等等在都市内生活的所需要的生活设施都齐备。
学园都市虽然与外部隔离，但是在某些特定时段会向社会公众开放。学生家长及社会人士可以在这些时段里进入学园都市进行参观，而且还有现场电视直播能力者互相战斗的场面！现在已经明了的“特定时段”有：大霸星祭（9月19曰到9月25曰）和一端览祭（时间不明，大约在10月末11月初的样子）。
学园都市的学生，大部分居住在学校的宿舍中，并在各个学校中接受能力开发。学园都市的学生大都借由药物、催眠术与通电刺激等方式取得超能力。有各种类型不同能力，以范围和威力分为无能力者（level0）、低能力者（level1）、异能力者（level2）、强能力者（level3）、大能力者（level4）、超能力者（level5）、绝对能力者（level6），实际绝对能力者只是理论上存在进化为level6的可能，并没有哪一个角色成功进化为level6。并每隔一定时间会进行身体检查，重新测定一次，但学生中的六成是无能力者，而学园都市中超能力者也只有七人。
学园都市内不存在警察，只有风纪委员（judgement）和教师自愿参与的警备员（anti-skill）维护治安。另外还有直属学园都市上层的暗部组织，是“光明”与“黑暗”并存的城市。(未完待续。)